Het archief van de Stichting St. Jozef Ziekenhuis, RK-Ziekenhuis voor Deventer en Omstreken werd in maart 1980 aan de Gemeentelijke Archiefdienst van Deventer in bewaring gegeven. De datum waarop het nieuwe ziekenhuis aan de Van Oldenielstraat in gebruik werd genomen (ca.1 december 1956) is als einddatum van het over te brengen archief gekozen. De periode 1875-1956, d.w.z. de periode waarin het ziekenhuis in de Nieuwstraat was gevestigd, is zo niet in de wijze van administreren, dan toch in de geschiedenis van het St. Jozef Ziekenhuis als een afgerond geheel te beschouwen.
Tot de verhuizing naar de Van Oldenielstraat werd het archief van het St. Jozef Gesticht / de Stichting St. Jozef Ziekenhuis op twee plaatsen in het gebouw aan de Nieuwstraat bewaard, en wel in een brandkast en in een kast in de regentenkamer. Het archief was onderwerpsgewijs geordend. Een plaatsingslijst (inv. nr 28) maakte het archief toegankelijk. Na de verhuizing raakte het archief over de verschillende afdelingen van het ziekenhuis aan de Van Oldenielstraat verspreid. Van de op de plaatsingslijst genoemde dossiers bleek bij inventarisatie niet één meer intact te zijn. Hierdoor en door het verloren zijn gegaan van vele archiefbescheiden was herstel van de oude ordening van het archief niet meer mogelijk. Bij de inventarisatie van het archief is gekozen voor een nieuwe indeling naar onderwerpen. In 2018 zijn de aanvullingen op het archief die in 1985 en 1989 zijn overgebracht naar het stadsarchief verwerkt in de bestaande inventaris.
De overdracht in december 1947 van het St. Jozef Gesticht door het kerkbestuur van de Lebuïnusparochie aan de Stichting St. Jozef Ziekenhuis had geen verandering in de wijze van bestuur of administratie van het ziekenhuis tot gevolg. De zeven leden van het College van Regenten van het gesticht waren tevens van 1939 tot eind 1947 bestuursleden van de stichting.

Na 1947 hield het college op te bestaan en zetten de regenten als leden van het bestuur van de Stichting St. Jozef Ziekenhuis het bestuur van het tot St. Jozef Ziekenhuis omgedoopte St Jozef Gesticht voort. Het archief van het gesticht en dat van de stichting zijn daarom als één geheel behandeld. Het archief dat de Stichting St. Jozef Ziekenhuis in de jaren 1939 tot 1947 heeft gevormd is grotendeels ondergebracht in de rubriek "eigendommen" onder "ziekenhuiscomplex Van Oldenielstraat" (inv. nrs. 177 -207). De stichtingsakte van de Stichting St. Jozef Ziekenhuis en de akten van wijziging daarop zijn geplaatst bij de reglementen van het St Jozef Gesticht onder "rechtspositie" (inv. nr. 20). De financiële bescheiden van de stichting in de periode 1939-1947 worden genoemd in de rubriek "financiën" onder "Stichting St. Jozef Ziekenhuis" (inv. nrs 123-127).
Het oudste stuk van het archief van het St. Jozef Ziekenhuis is een opnameboek (inv. nr. 346) met als begindatum 11 september 1875. Hoewel de ingebruikneming van het ziekenhuis aan de Van Oldenielstraat (ca. 1 december 1956) als cesuur in het archief van het ziekenhuis is gekozen, zijn ook de registers en de dossiers die tot latere datum doorlopen in de inventaris opgenomen, evenals de stukken die betrekking hebben op de officiële opening van het nieuwe ziekenhuis. Met betrekking tot de financiële administratie kan worden opgemerkt dat het ziekenhuis in 1920 is overgestapt van kameralistische boekhouding op zogenaamd koopmansboekhouden.
Vernietiging van archiefbescheiden heeft zich beperkt tot enkele nota's en dubbelen